Nachdem die Helden in den ersten beiden Staffeln den Kampf von Gut gegen Böse für sich entscheiden konnten und dabei New York City und die ganze Welt gerettet haben, steht ihnen in den neuen Folgen eine noch größere Herausforderung bevor. Unheilvolle Schurken entkommen aus sicherem Gewahrsam und treiben marodierend ihr Unwesen. Aber auch jeder einzelne unserer Helden muss sich dem Kampf gegen die dunklen Seiten seines eigenen Wesens stellen. Wird es den Heroes gemeinsam gelingen, den alles entscheidenden Kampf zu gewinnen?