Im dritten Teil der Serie konzentriert sich die Geschichte diesmal auf zwei Charaktere. Eines Tages entdecken Edge und Iris ein achtteiliges magisches Buch, welches ihnen jeden Wunsch erfüllt, sobald sie es schaffen, alle Teile zu finden und zusammenzuführen. Dabei werden sie von Alchemisten und Kriegern begleitet.

Als klassisches Rollenspiel bietet Atelier Iris 3 zum ersten Mal absolute Handlungsfreiheit. Der Spieler entscheidet selbst, welche Aufgaben er als nächstes löst oder ob er seine Handwerksfähigkeiten verbessert. Selbstverständlich gibt es immer noch einen epischen Handlungsstrang, dem er bei Bedarf folgen kann. Die Aufgabenvielfalt ist dabei überwältigend und besteht unter anderem aus Spionage-Quests, Monsterjagd-Quests, Schatzsuchen und natürlich den großen Kampf-Quests.